司法协商分期付款后通常会结案，但具体情况要根据不同的司法程序和案件类型来判断，以下为你详细分析：

    民事诉讼

   在民事诉讼中，如果双方达成司法协商（一般指法院主持下达成调解协议，约定分期付款），通常会出现以下两种结案情形：

    以调解方式结案

   双方在法院的组织下达成调解协议，约定债务人以分期付款的方式偿还债务。法院会根据调解协议制作民事调解书，送达双方当事人。一旦双方签收民事调解书，该调解书即具有法律效力，此时案件以调解方式结案，诉讼程序终结。

    原告撤诉结案

   双方自行达成了分期付款的和解协议，原告可以向法院申请撤诉。经法院审查符合撤诉条件的，裁定准许撤诉，案件也会因此而终结。

   不过，若在分期付款过程中，债务人未按照约定履行付款义务，债权人可以凭借调解书或相关协议，向法院申请强制执行，案件可能会因执行程序而重新进入司法流程。

    刑事附带民事诉讼

    达成赔偿协议并履行

   在刑事附带民事诉讼中，如果被告人与被害人就民事赔偿部分达成分期付款的协商，并且按照协议逐步履行赔偿义务，同时刑事部分的判决也已生效且不存在其他争议事项，那么整个案件通常会视为结案。

    未履行赔偿协议

   如果被告人在分期付款过程中违约，被害人可以就民事赔偿部分申请法院强制执行。刑事判决部分依然有效，但民事赔偿的执行问题会重新启动司法程序来解决。

    执行程序中的和解

    执行和解并履行完毕

   在执行程序中，双方当事人达成执行和解协议，约定分期付款。当被执行人按照和解协议全部履行完毕后，法院会裁定执行终结，案件结案。

    未履行执行和解协议

   如果被执行人不履行或者不完全履行执行和解协议，申请执行人可以申请恢复执行原生效法律文书，也可以就履行执行和解协议向执行法院提起诉讼。此时，案件会继续处于司法程序中。