司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案的情况

    法院主持下达成调解协议并分期履行

   在法院的主持下，双方当事人就纠纷达成调解协议，约定了分期付款的方案。法院会根据调解协议制作调解书，经双方当事人签收后，调解书即具有法律效力。如果债务人按照调解协议约定的时间和金额按时、足额履行了分期还款义务，案件通常会以执行完毕的方式结案。

   例如，在民间借贷纠纷中，法院调解后确定被告分三期偿还原告欠款，被告依约履行，法院会终结该案件的执行程序。

    自行协商并经法院确认

   当事人自行达成分期付款的和解协议，并将协议提交给法院。如果债务人完全履行了和解协议的内容，案件也会结案。比如在合同纠纷中，双方私下协商好分期还款，债权人向法院申请撤回执行申请，法院审查后会裁定终结执行，案件结案。

    可能不会结案的情况

    未完全履行分期还款义务

   如果债务人在履行分期付款协议的过程中，出现了逾期还款或者未足额还款的情况，债权人可以依据调解书或者相关法律规定，向法院申请恢复执行。此时，案件不会结案，法院会继续按照执行程序对债务人采取相应的执行措施，如查询、冻结、划拨债务人的财产等。

   例如，原本约定每月还款5000元，债务人连续两个月未按时还款，债权人有权要求法院恢复执行程序，以保障自己的合法权益。

    达成协议但未申请执行终结

   有时虽然债务人按照分期付款协议履行了义务，但债权人没有向法院申请执行终结，法院可能不会主动结案。这种情况下，案件在程序上仍处于未结状态，不过一般不会对当事人产生实质性的不利影响，但可能会在法院系统中保留相关案件记录。

    刑事案件

   刑事案件中涉及民事赔偿部分，如果双方就民事赔偿达成分期付款协议，且犯罪嫌疑人或被告人按照协议履行赔偿义务，刑事部分的审判和执行会按照法律规定的程序进行。

    - 对于刑事判决中的刑罚部分，不会因为民事赔偿的分期付款而受到影响，会正常执行，直到刑罚执行完毕。

    - 对于民事赔偿部分，若犯罪嫌疑人或被告人完全履行了分期付款的赔偿义务，民事赔偿部分可以视为执行完毕，但刑事案件整体不会仅仅因为民事赔偿的履行而结案，还需完成整个刑事诉讼程序，包括刑罚执行等环节。

   总体而言，司法协商分期付款后大部分情况下在义务履行完毕且按程序操作后会结案，但存在多种特殊情形可能导致案件不能顺利结案。