司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    可能会结案的情况

    执行和解并履行完毕

   在执行阶段，如果双方当事人达成司法协商分期付款的和解协议，并且被执行人按照协议约定的时间和金额，按时、足额地完成了全部款项的支付。比如，在一个债务纠纷执行案件中，被执行人与申请执行人协商后，约定分12期偿还100万元债务，被执行人在12个月内每期都按时支付了相应款项。这种情况下，执行目的已经实现，法院通常会以执行完毕的方式结案。

    申请执行人撤回申请

   达成司法协商分期付款协议后，申请执行人可能基于对被执行人的信任等原因，向法院申请撤回执行申请。例如，双方协商好分期付款方案后，申请执行人认为被执行人有诚意且有能力按约履行，便向法院提交撤回执行申请。经法院审查，符合规定的，法院会裁定终结执行，案件也会相应结案。

    通常不会立即结案的情况

    达成和解协议但未履行完毕

   当双方达成司法协商分期付款协议，但被执行人尚未完成全部款项的支付时，案件一般不会结案。因为执行程序的目的是确保申请执行人的合法权益得到实现，只要还有款项未支付，执行程序就需要继续进行监督。比如，在分期还款过程中，被执行人只支付了前几期款项，后续出现违约不再支付，此时法院会根据申请执行人的请求，恢复对原生效法律文书的执行，案件处于继续执行的状态，不会结案。

    和解协议履行存在争议

   如果在司法协商分期付款协议履行过程中，双方当事人对协议的条款理解产生争议，或者对被执行人是否按时、足额履行存在分歧，案件也不会结案。例如，申请执行人认为被执行人某一期还款未达到约定金额，而被执行人认为已经按照协议履行，双方为此发生争议。这种情况下，法院需要对争议进行审查和处理，案件会持续处于未结案状态，直至争议解决。