司法协商分期付款后案件是否会结案，需要分情况来看：

    一般民事诉讼案件

    法院出具调解书后按约履行

   在民事诉讼中，双方当事人达成司法协商并形成了法院的调解书。如果债务人按照调解书确定的分期付款计划按时、足额履行还款义务，那么在全部款项支付完毕后，案件通常会以执行完毕的方式结案。例如，甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，经法院调解，双方达成乙分 10 期每月偿还 1 万元的协议，法院据此制作了调解书。乙在 10 个月内按时还清了全部款项，此时法院会将该案件作结案处理。

    达成和解协议并履行

   即使没有法院出具的调解书，在执行阶段双方自行达成分期付款的和解协议，并且债务人严格按照协议履行，债权人也认可并向法院表示债务已得到解决的，法院也会结案。比如在执行过程中，双方私下约定分阶段还款，债务人依约履行，债权人向法院提交书面申请表示放弃剩余执行请求，法院会终结执行程序，案件结案。

    未按约定履行

   如果债务人在司法协商分期付款过程中，没有按照约定的时间、金额还款，那么债权人可以向法院申请恢复执行原生效法律文书。例如，在上述案例中，乙支付了 3 期后就不再还款，甲有权向法院申请恢复对原判决（如果之前有判决）或调解书的执行，此时案件不会结案，而是继续进入执行程序。

    刑事附带民事诉讼案件

    民事赔偿部分达成协议并履行

   在刑事附带民事诉讼中，若就民事赔偿部分达成分期付款协议且被告人按约履行完毕，民事赔偿部分会结案。但刑事案件部分会根据犯罪事实、证据等按照刑事诉讼程序继续进行，最终依据法律作出刑事判决。例如，在故意伤害案件中，被告人与被害人就民事赔偿达成了分期付款协议，在被告人履行完赔偿义务后，附带民事诉讼部分终结，但刑事审判仍会对被告人的犯罪行为进行定罪量刑。

    未履行民事赔偿协议

   如果被告人不履行分期付款协议，被害人可以申请法院强制执行。刑事部分的审判不受影响，但会影响被告人在量刑时是否能获得从轻处罚的情节考量，同时民事赔偿的执行程序会持续，直至赔偿义务履行完毕或出现法定的终结执行情形。