司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    通常情况可结案

   在民事案件中，如果双方当事人达成司法协商分期付款协议，并且按照以下程序操作，案件一般会结案：

    - 若在诉讼过程中达成协议，双方签订书面的和解协议或调解协议，经法院审查确认后，法院会根据协议内容制作调解书。当双方按照调解书约定开始履行分期付款义务时，法院通常会以调解结案的方式处理该案件，将案件作结案处理。

    - 例如，甲起诉乙偿还借款纠纷一案，在法院主持下双方达成了乙分三期偿还借款的调解协议，法院据此制作了调解书。乙按照调解书的要求开始偿还第一期款项后，法院就会将此案结案。

    存在特殊情况不结案

   如果在司法协商分期付款过程中，付款方没有按照协议约定的时间、金额等履行付款义务，收款方可以向法院申请恢复执行。此时，案件不会结案，法院会根据申请重新启动执行程序，对付款方采取相应的执行措施，如查询、冻结、划拨其银行存款，查封、扣押其财产等。

   例如，在上述案例中，乙在支付了第一期款项后，第二期款项逾期未支付，甲就可以向法院申请恢复执行，法院会再次对该案件进行处理，案件状态就会从已结案转变为执行中。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼可能结案

   在刑事附带民事诉讼中，如果就民事赔偿部分达成司法协商分期付款协议，并且赔偿方按约定履行，该附带民事部分可以结案。但刑事案件本身，其是否结案取决于刑事诉讼程序的进展，如犯罪嫌疑人是否被定罪量刑等。

   例如，在一起故意伤害案件中，被害人提起刑事附带民事诉讼要求被告人赔偿医疗费等损失。双方达成了被告人分两期赔偿的协议，被告人按时履行了赔偿义务，附带民事部分可以结案，但刑事部分仍需按照法定程序进行，由法院对被告人的犯罪行为进行审判，确定是否构成犯罪以及如何量刑。

    不存在单纯的协商分期结案

   对于刑事案件的刑事责任部分，不能通过协商分期付款的方式来结案。刑事责任是犯罪行为人因其犯罪行为而应承担的法律后果，必须由司法机关依据法律规定进行侦查、起诉和审判，以确定犯罪嫌疑人是否有罪以及应判处何种刑罚，不允许当事人之间通过协商来免除或减轻刑事责任。