司法协商分期付款后，案件通常是会结案的，但具体情况要根据案件类型和实际处理方式来确定，以下为你详细分析：

    民事诉讼

    可以申请结案的情况

   在民事诉讼中，如果双方当事人达成司法协商分期付款的协议，并且按照司法程序，该协议经过法院确认，形成了调解书。当债务人按照调解书约定的分期还款计划按时履行还款义务后，债权人一般会向法院申请结案，此时法院会作结案处理。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款10万元，在法院主持下双方达成调解协议，约定乙分三期偿还借款，乙依约履行完毕后，甲到法院申请结案，法院就会将该案件从未结案件中移除。

    可能不结案的情况

   若债务人未按照协商的分期付款协议履行义务，出现逾期还款等违约行为，债权人可以依据调解书向法院申请强制执行。在这种情况下，案件不会结案，而是会进入执行程序，直到债务得到全部清偿或者出现法定的终结执行情形。

   比如，上述案例中乙只偿还了第一期款项，之后就不再还款，甲向法院申请强制执行，此时案件会继续处于执行阶段，直至乙还清全部欠款或出现如乙死亡且无遗产可供执行等终结执行的情况。

    刑事附带民事诉讼

    通常会结案的情况

   在刑事附带民事诉讼中，如果就民事赔偿部分达成司法协商分期付款协议，且被告人按约定履行赔偿义务，刑事部分在经过相应的审判程序作出判决后，整个案件一般会按程序结案。

   例如，丙因故意伤害丁被提起刑事附带民事诉讼，在法院主持下，双方就民事赔偿达成分期赔偿协议，丙按时赔偿，同时法院对丙的刑事犯罪作出判决，之后案件会正常结案。

    可能影响结案的情况

   如果被告人不履行分期付款协议，被害人可以申请法院强制执行，这可能会对整个案件的后续处理产生影响，甚至可能影响到被告人在刑事部分的量刑考量，但一般不影响刑事案件本身的审判程序推进，只是民事赔偿部分的执行会持续，直至执行完毕或出现终结执行的情况。

    执行案件

    会结案的情况

   在执行案件中，双方达成执行和解协议，约定分期付款。当被执行人完全按照和解协议履行完毕后，法院会以执行完毕方式结案。

   例如，戊与己的执行案件中，双方达成和解，己分期支付欠款，己全部支付完毕后，法院会结案。

    可能不结案的情况

   若被执行人不履行或不完全履行和解协议，申请执行人可以申请恢复原生效法律文书的执行，案件会继续处于执行状态，不会结案。