司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案

   在民事案件中，如果双方当事人达成司法协商并确定了分期付款的方案，通常会以以下方式处理从而导致案件结案：

    法院出具调解书 ：经法院主持调解，双方就分期付款事宜达成一致，法院会制作调解书。调解书生效后，等同于法院的判决，具有强制执行力。如果被告按照调解书约定的分期还款计划按时履行还款义务，案件就会顺利终结。例如，在民间借贷纠纷中，原告起诉被告要求偿还借款，双方在法院主持下达成调解，约定被告分三期偿还欠款。被告依约履行完毕后，案件即告结案。

    双方自行达成和解并申请撤诉 ：当事人在诉讼过程中自行协商达成分期付款协议，原告向法院申请撤诉。法院裁定准许撤诉后，案件也就此终结。

    可能不会结案

   若在司法协商分期付款后，债务人没有按照约定的时间和金额履行还款义务，债权人可以向法院申请强制执行。此时，案件不会因为达成了分期付款协议而结案，而是会进入强制执行程序。比如，债务人承诺每月还款 5000 元，但连续两个月未履行还款义务，债权人有权向法院申请恢复执行，要求债务人一次性偿还剩余款项。

    刑事案件

    不存在因协商分期付款结案的情况

   刑事案件是国家公诉机关代表国家对犯罪嫌疑人提起的诉讼，主要目的是惩罚犯罪、维护社会秩序和公共利益。刑事案件的处理遵循罪刑法定原则，犯罪嫌疑人的刑事责任不能通过与被害人协商分期付款的方式来免除。

   不过，在一些刑事附带民事诉讼中，对于民事赔偿部分，双方可以协商分期付款。但这并不影响刑事案件本身的处理进程，刑事案件会依据法律规定进行侦查、起诉和审判。例如，在故意伤害案件中，被害人可以与犯罪嫌疑人就民事赔偿部分达成分期付款协议，但犯罪嫌疑人仍需承担相应的刑事责任，由法院根据犯罪事实和情节进行定罪量刑。