司法协商分期付款后是否结案需要分情况来看：

    民事案件

    一般情况

   在民事案件中，司法协商分期付款通常是指在法院主持下达成调解协议，约定被告分期向原告支付款项，或者双方自行达成和解协议并经法院确认。如果被告按照调解协议或者和解协议的约定，按时、足额完成了所有分期款项的支付，那么案件通常会以执行完毕的方式结案。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，经法院调解，双方达成协议，乙分 5 期偿还，每期 2 万元。当乙按照约定还清 10 万元后，法院会认定案件执行完毕并结案。

    未按约定履行的情况

   若被告在分期付款过程中出现违约，未按照协议支付某一期或多期款项，那么原告可以向法院申请恢复执行原生效法律文书（比如原判决），或者要求被告承担违约责任。此时案件不会结案，而是会继续处于执行程序中。

   比如上述案例中，乙支付了前 2 期后就不再支付，甲有权向法院申请恢复执行，要求乙一次性偿还剩余款项，案件会继续推进。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼

   在刑事附带民事诉讼中，如果涉及到民事赔偿部分通过协商达成了分期付款协议。当被告人按照协议完成全部赔偿后，附带民事诉讼部分会结案，但刑事案件本身的刑事部分（对被告人定罪量刑等）不会因为民事赔偿的分期支付情况而改变结案状态，刑事部分是依据犯罪事实、证据等按照刑事诉讼程序进行处理和结案。

   例如，在一起故意伤害案件中，被告人除了要承担刑事责任外，还需对被害人进行民事赔偿。双方就民事赔偿达成分期付款协议，当赔偿完毕，附带民事诉讼部分结束，但刑事判决已经作出，会按照既定程序走完。

    单纯刑事案件

   刑事案件不存在民事意义上的协商分期付款结案的概念。刑事案件是国家对犯罪行为进行追诉，以惩罚犯罪、维护社会秩序。犯罪嫌疑人需要承担的刑事责任（如刑罚）是由法律规定和司法机关根据案件情况决定的，不会因为所谓的“分期付款”而结案。