司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    通常情形下可以结案

   在民事案件中，如果双方当事人达成司法协商并确定了分期付款的方案，一般会以调解的方式来处理。法院会根据双方达成的调解协议制作民事调解书。当双方在调解书上签字，且被告按照调解书约定的分期还款计划按时履行还款义务后，案件通常会以执行完毕的方式结案。

   例如，在民间借贷纠纷中，原告起诉被告要求偿还借款 10 万元，经法院主持调解，双方达成协议，被告分 5 期偿还，每月偿还 2 万元。被告依约履行完 5 期还款义务后，案件即视为执行完毕而结案。

    存在特殊情况不结案

   若被告在达成分期付款协议后，未按照约定的时间和金额还款，原告可以向法院申请强制执行。此时，案件并不会因为达成了分期付款协议就结案，而是会进入执行程序，直到被告履行完全部义务或者出现其他法定的结案情形（如终结执行等）。

   比如上述民间借贷案例中，被告偿还 2 期后就不再还款，原告有权向法院申请强制执行剩余的 6 万元，案件进入执行程序继续处理。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼可能部分结案

   在刑事附带民事诉讼中，如果涉及民事赔偿部分达成了分期付款协议，且犯罪嫌疑人或被告人按照协议履行赔偿义务，那么附带民事诉讼部分可以结案。但刑事案件本身关于定罪量刑的部分，会依据法律规定和司法程序正常进行，不会因为民事赔偿的分期付款协议而结案。

   例如，在故意伤害案件中，被害人提起刑事附带民事诉讼要求被告人赔偿医疗费等损失 5 万元，双方就赔偿达成分期付款协议。当被告人按协议付清赔偿款后，附带民事诉讼部分可以结案，但刑事审判仍会对被告人的犯罪行为进行定罪量刑。

    不存在真正意义的“司法协商分期付款”

   在刑事案件中，对于刑事责任部分，不存在所谓“司法协商分期付款”的概念。刑事责任的承担是依据法律规定，由法院根据犯罪事实、犯罪性质、情节和社会危害程度等依法判决，不能通过协商分期付款的方式来处理。