司法协商分期付款后案件通常会结案，但具体情况要根据案件类型和处理程序来判断，以下为你具体分析：

    民事诉讼

    一般会结案

   在民事诉讼中，如果双方达成司法协商并确定了分期付款的方案，通常意味着纠纷已经通过协商的方式得到了解决。这种情况下，原告一般会向法院申请撤诉。法院经审查，认为撤诉符合法律规定的，会作出准予撤诉的裁定，此时案件会以撤诉的方式结案。

   比如，甲起诉乙偿还借款，在法院主持下双方达成司法协商，乙分期偿还借款，甲随后向法院申请撤诉，法院裁定准予撤诉后，该案件即结案。

    特殊情况暂不结案

   如果双方达成的分期付款协议是在法院主持下制作了调解书，调解书生效后，案件虽然从程序上来说没有完全终结。因为在一方不履行调解书确定的分期还款义务时，另一方有权依据调解书向法院申请强制执行。只有当债务人按照调解书的约定全部履行完付款义务，或者通过其他法定方式（如执行和解并履行完毕）使债权债务关系消灭后，案件才会真正结案。

    刑事附带民事诉讼

    民事部分可能结案

   在刑事附带民事诉讼中，如果附带民事诉讼的原被告就民事赔偿达成了分期付款的司法协商，并且原告接受了该方案，那么附带民事诉讼部分通常会按照上述民事诉讼的类似程序处理，可能会以原告撤诉或者法院出具调解书等方式结案。但刑事案件本身会根据刑事诉讼程序继续进行，不会因为附带民事诉讼的协商解决而终结。

    刑事部分按程序进行

   例如，在故意伤害案件中，被害人提起附带民事诉讼要求被告人赔偿医疗费等损失，双方就赔偿达成分期付款协议，附带民事诉讼部分可以结案。但对于被告人的刑事责任，仍需由法院依据刑法和刑事诉讼法的规定进行审判，根据犯罪事实、情节等作出相应的刑事判决。

    执行案件

    达成和解可能终结本次执行

   在执行程序中，申请执行人和被执行人达成分期付款的执行和解协议，法院可以裁定终结本次执行程序。但这并不意味着案件彻底结束，如果被执行人不履行执行和解协议，申请执行人可以申请恢复执行原生效法律文书。当被执行人按照执行和解协议全部履行完毕义务后，执行案件才会以执行完毕的方式结案。