司法协商分期付款后案件是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案

   在民事案件中，当双方当事人达成司法协商并确定分期付款方案后，通常会以调解的方式处理。法院会制作调解书，经双方当事人签收后，即具有法律效力。如果债务人按照调解书规定的分期还款计划按时、足额履行还款义务，案件一般会按执行完毕作结案处理。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款10万元，在法院主持下双方达成司法协商，约定乙分5期偿还，每期还款2万元。乙按照约定如期还款，法院就会认定案件执行完毕，予以结案。

    可能不结案

   若在分期付款过程中，债务人出现违约行为，如未按时还款或未足额还款，债权人有权依据调解书向法院申请强制执行。此时，案件不会结案，而是进入强制执行程序，法院会采取查询、冻结、扣划债务人财产等执行措施，直至债务得到清偿。

   例如，上述案例中乙偿还了前两期后，第三期未能按时还款，甲可以向法院申请强制执行，案件继续处于司法程序中。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

   与民事案件类似，如果在刑事附带民事诉讼中，被告人与被害人就民事赔偿部分达成司法协商分期付款协议，且被告人按协议履行赔偿义务，附带民事诉讼部分可以结案。但刑事案件本身关于被告人刑事责任的部分，不受此影响，依然会按照刑事诉讼程序进行审判和处理。

   例如，在一起故意伤害案件中，被告人造成被害人身体伤害，除了要承担刑事责任外，还需对被害人进行民事赔偿。双方就民事赔偿达成分期付款协议，若被告人依约赔偿，附带民事诉讼部分结案，但刑事审判仍会继续，以确定被告人的刑罚。

    不存在真正意义的“司法协商分期付款结案”

   刑事案件是国家公权力对犯罪行为的追诉，犯罪嫌疑人或被告人不能通过与被害人协商分期付款的方式来终结刑事诉讼程序。即使犯罪嫌疑人积极赔偿被害人损失并达成谅解，也只是在量刑时可以作为从轻处罚的情节考虑，案件依然要经过侦查、审查起诉、审判等法定程序。