司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    一般会结案的情形

    执行和解并履行完毕

   在执行阶段，双方达成司法协商并以分期付款的方式来履行债务。如果债务人按照协商约定的期限和金额，按时、足额完成了全部款项的支付，那么意味着生效法律文书所确定的义务已经全部履行完毕。根据法律规定和司法实践，这种情况下执行法院通常会以执行完毕的方式结案。

   例如，甲起诉乙偿还借款 10 万元，法院判决乙还款。进入执行阶段后，甲乙协商乙分 10 期，每月偿还 1 万元。乙严格按照该方案履行，全部款项还清后，执行案件就会结案。

    达成调解协议并履行

   在诉讼过程中，双方在法院的主持下达成调解协议，约定以分期付款的方式解决纠纷。当债务人按照调解协议的内容完成全部付款义务后，由于纠纷已经得到妥善解决，法院也会对该案件进行结案处理。

    不一定会结案的情形

    未按约定履行

   如果在司法协商分期付款的过程中，债务人没有按照约定的时间或金额支付款项，出现违约情况，那么案件通常不会结案。债权人有权依据相关法律规定和协议约定，要求恢复原生效法律文书的执行，或者要求债务人承担违约责任。

   比如，上述案例中乙在偿还了 3 期后就不再还款，此时甲可以向法院申请恢复执行，要求乙一次性偿还剩余的 7 万元及可能产生的迟延履行利息等，案件会继续处于执行状态。

    存在后续问题待处理

   即使债务人完成了分期付款的义务，但如果案件还存在一些附带问题需要解决，如需要办理相关的产权变更登记手续、交付特定物品等，在这些事项未完成之前，案件可能也不会完全结案。法院可能会继续跟进，直至所有相关事项都处理完毕。