司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看。

    可能结案的情况

    民事诉讼

   在民事诉讼中，如果双方当事人达成了司法协商分期付款的协议，并且按照协议约定，债务人按时、足额履行了分期还款义务，债权人的债权得到了实现，那么案件通常会结案。一般来说，法院会以执行和解并履行完毕的方式结案。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，在法院主持下双方达成司法协商，乙分 3 期偿还借款。乙按照约定时间和金额还清了全部借款，此时法院会认定案件已了结，进行结案处理。

    刑事附带民事诉讼

   在刑事附带民事诉讼中，若附带民事部分达成司法协商分期付款协议，且被告人按协议履行赔偿义务，附带民事诉讼部分通常会结案。而刑事案件部分则会根据刑事诉讼程序继续进行，最终依据犯罪事实、证据等作出刑事判决。

   比如，丙因故意伤害丁被提起刑事诉讼，同时丁提起附带民事诉讼要求赔偿医疗费等损失。双方就民事赔偿部分达成司法协商分期付款协议，丙依约履行赔偿后，附带民事部分结案，但丙的刑事责任仍需由法院依法判定。

    可能不结案的情况

    未按协议履行

   如果在司法协商分期付款后，债务人没有按照协议的约定按时、足额还款，债权人可以向法院申请恢复执行原生效法律文书，或者要求债务人承担违约责任。在这种情况下，案件不会结案，法院会继续对案件进行处理。

   例如，戊与己达成司法协商分期付款协议，但戊只支付了第一期款项后就不再履行后续还款义务，己可以向法院申请恢复执行，法院会重新启动执行程序来保障己的合法权益，案件也就不会结案。

    存在后续争议

   即使债务人按照分期付款协议履行了还款义务，但双方就协议履行过程中的其他事项产生争议，如对还款金额的计算方式、履行方式等存在分歧，且无法自行协商解决，当事人可能会再次向法院提起诉讼或要求法院处理，此时案件也不会简单地结案。

   比如，庚和辛达成司法协商分期付款协议，辛按约还款后，庚认为辛在还款过程中未按照约定方式通知其收款，给其造成了一定损失，双方为此产生争议并诉至法院，那么案件就会因新的争议继续处于司法程序中。