司法协商分期付款后是否会结案需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案

   在民事案件执行阶段，双方达成司法协商分期付款协议（通常表现为执行和解协议），如果被执行人按照协议约定的期限和金额按时、足额履行了付款义务，那么执行案件通常会以执行完毕的方式结案。法院会根据实际情况作出相应的结案处理，例如在执行系统中进行结案登记等。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款10万元，进入执行程序后，双方协商乙分三期偿还，乙按照约定在规定时间内还清了全部款项，此时法院会认定执行目的已经实现，将案件作结案处理。

    可能不会立即结案

   如果被执行人只是与申请执行人达成了分期付款协议，但尚未完全履行完毕付款义务，案件通常不会结案。因为法院的执行任务是确保生效法律文书确定的权利义务得到全面实现。

   比如上述案例中，乙只支付了第一期款项后就不再履行后续付款义务，这种情况下申请执行人可以向法院申请恢复执行，要求按照原生效法律文书继续执行，案件会处于继续执行的状态，不会结案。

    刑事案件

   刑事案件中涉及民事赔偿部分达成分期付款协议，与刑事案件本身的结案并无直接关联。刑事案件的结案主要取决于对犯罪嫌疑人的刑事追诉程序是否完成。

    刑事部分

   如果犯罪事实清楚，证据确实、充分，犯罪嫌疑人被依法定罪量刑，并且刑罚执行完毕（如服刑期满、缓刑考验期结束等），刑事案件才会结案。即使犯罪嫌疑人与被害人就民事赔偿达成了分期付款协议，也不影响刑事部分按照法定程序进行和结案。

    民事赔偿部分

   类似于民事案件的处理方式，如果犯罪嫌疑人按照分期付款协议履行了民事赔偿义务，该民事赔偿部分可以视为执行完毕；若未履行，被害人可以通过相关程序要求继续执行。