司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    一般会结案的情况

    民事诉讼中

   在民事纠纷案件里，如果双方当事人在法院主持下达成司法协商（通常表现为达成调解协议并约定分期付款），并且按照协议内容，债务人严格按照分期付款的计划按时、足额履行了还款义务，那么案件通常会以执行完毕的方式结案。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款10万元，在法院调解下双方达成协议，乙分10个月每月偿还1万元。乙在这10个月内都按时还款，法院会认定案件执行完毕并结案。

    刑事附带民事诉讼中

   在刑事附带民事诉讼里，若民事赔偿部分通过司法协商达成分期付款协议，当被告人依照协议完成全部赔偿义务后，民事赔偿部分会结案。刑事部分则依据法院的判决继续执行相应刑罚。

   比如，丙因故意伤害丁被提起刑事附带民事诉讼，双方就民事赔偿达成分期赔偿协议，丙按约定完成赔偿后，民事赔偿这部分案件结束。

    可能不会结案的情况

    未完全履行协议

   如果债务人没有按照司法协商达成的分期付款协议履行义务，例如出现逾期还款、还款金额不足等情况，那么案件不会结案。债权人可以向法院申请恢复执行原生效法律文书，法院会继续对案件进行处理，采取强制执行措施来保障债权人的权益。

   比如，在上述甲和乙的案例中，乙在还了3个月后就不再还款，甲有权向法院申请恢复执行，案件会继续处于执行状态。

    存在后续争议

   即使债务人按照协议完成了分期付款，但如果双方就协议履行过程中的其他事项存在争议，如对还款的性质、利息计算等有不同理解，可能会引发新的纠纷，导致案件无法真正结案。双方可能需要通过进一步的协商、诉讼等方式解决这些争议。