司法协商分期付款后是否会结案需要分情况来看：

    民事案件

    1. 一般情况

   在民事案件中，如果双方当事人达成司法协商分期付款协议，并且按照协议约定履行完毕，法院通常会结案。例如在民间借贷纠纷中，债权人起诉债务人要求还款，在法院主持下双方达成了债务人分期还款的协议。当债务人按照协议的时间和金额全部还清欠款后，意味着双方的债权债务关系已经消灭，法院会根据具体情况以执行完毕等方式结案。

    2. 未履行完毕的情况

   如果达成了分期付款协议，但债务人没有按照协议履行，比如出现逾期还款等情况，债权人有权向法院申请恢复执行。此时案件不会结案，法院会根据债权人的申请，继续按照原生效法律文书进行执行，采取冻结、划拨财产等强制执行措施。

    3. 达成协议但未申请撤销案件

   即使双方达成了司法协商分期付款协议，但债权人没有向法院申请撤诉或者终结执行等，案件在程序上可能仍然处于未结案状态。不过在实践中，如果双方达成一致且开始履行协议，法院通常会等待一段时间观察履行情况，再决定后续的处理方式。

    刑事案件

    1. 刑事附带民事诉讼

   在刑事附带民事诉讼中，如果涉及民事赔偿部分达成了分期付款协议，且赔偿款按照协议履行完毕，刑事附带民事部分可以结案。但刑事案件本身是否结案，取决于刑事诉讼的进程。例如，犯罪嫌疑人被追究刑事责任，需要经过侦查、审查起诉、审判等阶段，民事赔偿的协商分期付款不影响刑事案件的正常审理和判决。只有当刑事案件经过法院判决，且判决生效后，整个刑事案件才会结案。

    2. 刑事和解

   在一些轻微刑事案件中，如果犯罪嫌疑人与被害人达成和解协议并分期付款赔偿损失，且符合刑事和解的相关规定，司法机关可以根据具体情况对犯罪嫌疑人从宽处理。但这并不意味着案件一定会立即结案，司法机关仍然需要按照法定程序进行审查和处理，最终是否结案要根据法律规定和案件的具体情况来确定。

   综上所述，司法协商分期付款后是否结案不能一概而论，要根据案件的性质、协议的履行情况以及当事人的申请等多种因素来综合判断。