司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案

   在民事案件中，如果双方当事人达成司法协商分期付款协议，并且按照协议约定履行了相应的义务，法院通常会结案。例如在民间借贷纠纷中，原告起诉被告要求偿还借款，在法院主持下双方达成了分期付款的调解协议。被告按照协议按时足额支付每一期款项，当全部款项支付完毕，意味着纠纷已经得到妥善解决，法院会以执行完毕等方式结案。

    可能不结案

   如果达成司法协商分期付款协议后，债务人没有按照协议约定履行付款义务，即使已经开始了部分履行，债权人有权依据协议和相关法律规定，要求法院恢复执行程序。这种情况下案件就不会结案，法院会继续对案件进行处理，可能会采取查封、扣押、冻结债务人财产等强制执行措施。比如在买卖合同纠纷中，双方达成调解协议由被告分三期支付货款，但被告仅支付了第一期，后续两期未支付，原告申请恢复执行，案件就会继续处于执行状态。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

   在刑事附带民事诉讼中，如果涉及民事赔偿部分达成了分期付款的协议。当被告人按照协议履行完赔偿义务后，附带民事诉讼部分通常会结案。但刑事案件本身并不会因为民事赔偿的分期付款履行完毕而结案，刑事案件要根据整个刑事诉讼程序的进展，包括侦查、审查起诉、审判等环节，最终依据法院对被告人的定罪量刑结果来决定是否结案。例如在故意伤害案件中，被告人与被害人就民事赔偿部分达成分期付款协议，当赔偿款全部支付完毕，附带民事诉讼部分结束，但刑事部分仍要按照法律规定对被告人的犯罪行为进行审判。

    不存在单纯因协商赔偿分期而结案的情况

   刑事案件是国家公权力对犯罪行为进行追诉的程序，犯罪行为侵犯的不仅是被害人的权益，更破坏了社会秩序和法律尊严。所以，不能仅仅因为犯罪嫌疑人与被害人达成赔偿分期付款协议就结案。只有在符合法定的撤案条件，如情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的等情况下，才会根据法律规定作出撤案、不起诉或者终止审理等结案处理。