司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    通常情况会结案

   在民事案件中，如果双方当事人达成司法协商并确定了分期付款的方案，并且该方案得到法院的认可（比如通过法院出具调解书的形式予以确认）。当债务人按照分期付款协议按时、足额履行还款义务后，案件一般会以执行完毕的方式结案。

   例如，在借款合同纠纷中，债权人起诉债务人要求偿还欠款，经法院主持调解，双方达成了债务人分三期偿还欠款的协议，法院据此制作了调解书。债务人按照调解书的要求，在规定的时间内分三次还清了全部欠款，此时法院会对该案件进行结案处理。

    可能不结案的情况

   如果债务人在司法协商分期付款过程中，出现逾期还款或者未按照协议约定足额还款的情况，债权人有权依据协议或者相关法律文书向法院申请恢复执行。在这种情况下，案件就不会结案，而是会继续处于执行程序中。

   比如，上述借款合同纠纷中，债务人只按时偿还了第一期欠款，第二期欠款却逾期未还，债权人可以向法院申请恢复执行，要求债务人一次性偿还剩余全部欠款，案件会继续推进直至问题解决。

    刑事案件附带民事赔偿

    民事赔偿部分可能结案

   在刑事案件附带民事诉讼中，如果被告人与被害人就民事赔偿部分达成司法协商分期付款协议，并且被告人按照协议履行赔偿义务，那么附带民事诉讼部分可以结案。但刑事案件本身会根据犯罪事实、证据等情况，依据刑事诉讼程序进行判决等处理，不会因为民事赔偿的协商和履行而直接结案。

   例如，在故意伤害案件中，被告人给被害人造成了人身伤害，被害人提起附带民事诉讼要求赔偿医疗费等损失。经协商，双方达成被告人分两年分期赔偿的协议，被告人如期履行完毕，附带民事诉讼部分会结案，但刑事部分仍会按照正常程序对被告人的犯罪行为进行定罪量刑。

    存在变数导致不结案

   若被告人在分期付款过程中违约，被害人可以向法院反映情况，法院可能会根据具体情况采取措施，如要求被告人一次性支付剩余赔偿款等，此时民事赔偿部分的处理会继续进行，不能顺利结案。同时，如果在刑事案件审理过程中发现新的犯罪事实或者证据等，整个刑事案件也会继续深入调查和审理。