司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案情况

    - 在民事案件中，如果双方当事人达成司法协商并确定了分期付款的方案，且该方案得到法院的认可（比如通过法院出具调解书的形式予以确认）。当债务人按照分期付款的协议按时、足额履行了全部还款义务后，案件通常会作结案处理。

    - 例如，甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，在法院主持下双方达成司法协商，约定乙分 5 期偿还，每期 2 万元。乙按照约定的时间和金额还清了全部借款，此时法院会将该案件作结案处理。

    可能不结案情况

    - 如果债务人没有按照司法协商的分期付款协议履行义务，出现逾期还款等违约行为，债权人有权依据之前的协议或相关法律文书向法院申请恢复执行。这种情况下，案件不会结案，而是会继续进入执行程序。

    - 比如上述案例中，乙支付了前 2 期共 4 万元后，就不再按约定还款，甲可以向法院申请恢复执行剩余的 6 万元欠款，案件会继续处于执行状态。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼

    - 在刑事附带民事诉讼中，如果涉及民事赔偿部分通过司法协商达成了分期付款协议。当民事赔偿部分按照协议履行完毕后，民事部分可以结案，但刑事案件本身不会因为民事赔偿的分期履行情况而结案。刑事案件的处理有其独立的程序和标准，需要根据犯罪事实、证据等依法作出判决等处理。

    - 例如，在一起故意伤害案件中，被害人提起刑事附带民事诉讼要求被告人赔偿医疗费等损失，双方就民事赔偿达成分期付款协议。即便民事赔偿最终全部履行完毕，对被告人的刑事审判程序仍会按照法律规定继续进行，直至对被告人的刑事责任作出最终裁决。

    单纯刑事案件

    - 刑事案件主要是国家对犯罪行为进行追诉，不存在像民事案件那样基于当事人之间债务履行达成分期付款协议来结案的情况。只要犯罪事实存在且符合追诉标准，司法机关会依法进行侦查、起诉、审判等程序，直至对犯罪嫌疑人的刑事责任作出认定和处理。