司法协商分期付款后案件通常会结案，但具体情况要根据不同案件类型和实际操作来判断，以下为你详细分析：

    民事案件

    一般会结案

   在民事纠纷中，当当事人达成司法协商分期付款协议后，意味着双方就争议的解决达成了一致意见。以常见的民间借贷纠纷为例，债权人与债务人在法院主持下达成了分期付款的调解协议，债务人按照协议约定开始履行还款义务。在这种情况下，法院一般会以调解的方式结案。

   根据《中华人民共和国民事诉讼法》规定，调解达成协议，人民法院应当制作调解书。调解书经双方当事人签收后，即具有法律效力，案件也就此终结。

    特殊情况可能不结案

   如果在分期付款过程中，债务人出现违约，未按照协议约定按时、足额还款，债权人有权依据调解协议或相关法律文书向法院申请恢复执行。此时，案件会再次进入执行程序，相当于案件并未真正结案。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

   在刑事附带民事诉讼中，如果就民事赔偿部分达成司法协商分期付款协议，且犯罪嫌疑人、被告人积极履行协议，民事部分一般会按照调解结案处理。但刑事案件本身的刑事部分，会根据法律规定和犯罪事实进行判决，不会因为民事赔偿的分期付款协议而受到影响。

   例如，在故意伤害案件中，犯罪嫌疑人与被害人就民事赔偿达成了分期付款协议，被害人对犯罪嫌疑人表示谅解。法院在判决时，会考虑这一情节，但仍会对犯罪嫌疑人的刑事责任作出判决。

    不存在真正意义的“结案”

   刑事案件是国家对犯罪行为进行追诉，维护社会秩序和公共利益。犯罪嫌疑人、被告人不能通过与被害人协商分期付款来免除刑事处罚，只有在经过侦查、审查起诉、审判等一系列法定程序，法院作出最终判决并生效后，刑事案件才会从法律程序上终结。