司法协商分期付款后案件通常会结案，但具体情况要依据案件类型和实际进展来确定，以下为你详细分析：

    民事案件

    一般会结案

   在民事纠纷中，当双方当事人达成司法协商分期付款协议，意味着他们就争议的解决达成了一致。例如在借款合同纠纷里，债权人与债务人经法院主持调解，达成了债务人分期偿还欠款的协议。

   如果债务人按照协议约定按时、足额履行付款义务，那么案件通常会以执行完毕的方式结案。因为双方的权利义务关系已经按照协商结果得到了妥善处理，法院的审判和执行目的已经实现。

    可能不结案

   若债务人在分期履行过程中出现违约，没有按照协议约定支付款项，债权人有权向法院申请恢复执行。此时，案件就不会结案，法院会根据债权人的申请，重新启动执行程序，对债务人采取相应的执行措施，如查询、冻结、划拨其财产等。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分可能结案

   在刑事案件中，如果涉及刑事附带民事诉讼，原被告双方就民事赔偿部分达成司法协商分期付款协议，且被告人按约定履行赔偿义务，那么附带民事诉讼部分可以结案。

   比如在故意伤害案件中，被告人对被害人造成人身伤害，双方就民事赔偿达成分期赔偿协议，被告人依约赔偿后，附带民事诉讼的赔偿问题得到解决，该部分会结案，但刑事部分仍会按照法定程序进行处理。

    刑事部分一般不涉及因赔偿分期而结案

   刑事案件是国家为了追究犯罪嫌疑人的刑事责任而提起的诉讼，其目的是维护社会秩序和法律尊严。犯罪嫌疑人是否对被害人进行赔偿以及赔偿方式（如分期付款），只是在量刑时可能会作为从轻处罚的情节予以考虑，但并不会因为达成赔偿协议并分期履行而导致刑事案件结案。只有当法院对被告人作出判决，且判决执行完毕后，刑事案件才会真正结案。