司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案

   在民事纠纷中，如果双方当事人在法院主持下达成了分期付款的调解协议，或者自行达成协议并经法院确认。当债务人按照协议约定的时间和金额按时、足额完成了全部款项的支付后，案件通常会结案。因为双方的争议已经通过协商和履行得到了解决，法院的审理目的已经达成。

   例如，在一个民间借贷纠纷案件中，原告起诉被告要求偿还借款 10 万元，经法院调解，双方达成协议，被告分 10 期，每月偿还 1 万元。当被告按照协议还清 10 万元后，法院会终结该案件的执行程序，作结案处理。

    可能不结案

   如果债务人没有按照分期付款协议履行义务，出现逾期支付或者拒绝支付剩余款项的情况，那么案件就不会结案。债权人可以依据协议和相关法律规定，向法院申请恢复执行，要求债务人一次性支付剩余全部款项，并可能要求债务人承担逾期履行的法律责任，如支付迟延履行金等。

   比如，在上述民间借贷案件中，被告支付了前 3 期款项后就不再支付，此时原告有权向法院申请恢复执行，要求被告一次性支付剩余的 7 万元及相应的利息等，案件会继续处于执行状态，直至债务全部清偿。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

   在刑事附带民事诉讼中，如果涉及民事赔偿部分达成了分期付款协议，与民事案件类似，当被告人按照协议履行完赔偿义务后，附带民事诉讼部分会结案。但刑事案件本身的刑事处罚部分，不会因为民事赔偿的分期付款履行情况而改变。

   例如，在故意伤害案件中，被告人除了要承担刑事责任外，还需对被害人进行民事赔偿。双方就民事赔偿达成分期付款协议，当被告人完成全部赔偿后，附带民事诉讼部分终结，但被告人仍需接受相应的刑事处罚，如有期徒刑等。

    不存在单纯的“结案”概念

   刑事案件主要是国家对犯罪行为进行追诉，目的是惩罚犯罪、维护社会秩序。一般不存在通过协商分期付款来结案的情况。犯罪嫌疑人需要承担的刑事责任由法律规定，要经过侦查、审查起诉、审判等法定程序来确定和执行，不会因为经济赔偿的分期支付而撤销刑事指控或终结刑事程序。