司法协商分期付款后案件是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般情况可以结案

   在民事纠纷中，若双方在法院主持下达成司法协商，确定了分期付款的方案，并且该方案体现在法院制作的调解书里。当双方按照调解书的约定开始履行分期付款义务后，通常法院会以调解方式结案。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，在法院的调解下，双方达成协议，乙分 3 期偿还借款，法院据此制作了调解书。一旦调解书生效，法院就会将该案件作结案处理。

    特殊情况可能不会结案

   如果只是达成了分期付款的口头或书面协议，但没有经过法院以调解书等正式法律文书确认，或者在履行过程中，债务人出现违约不按时付款的情况，债权人可以向法院申请恢复执行程序，此时案件就不会真正结案。

   比如，甲和乙私下达成了分期付款协议，但乙第二期款项逾期未付，甲有权向法院申请强制执行乙的财产，案件会重新进入执行阶段。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

   在刑事附带民事诉讼中，对于民事赔偿部分，双方可以协商分期付款。若达成协议并履行，刑事附带民事诉讼部分可以结案。但刑事案件本身关于被告人刑事责任的部分，不会因为民事赔偿的分期付款协商而结案，仍需按照刑事诉讼程序进行审判。

   例如，丙因故意伤害丁被提起公诉，同时丁提起刑事附带民事诉讼要求丙赔偿医疗费等损失。双方就民事赔偿达成分期付款协议，丙按照协议履行后，刑事附带民事诉讼部分可以结案，但丙的刑事责任仍要由法院依法判决。

    单纯刑事案件不存在此类情况

   在单纯的刑事案件中，不存在通过协商分期付款来结案的情况。刑事案件是国家对犯罪行为进行追诉，以维护社会秩序和公共利益，犯罪嫌疑人需要承担的刑事责任由法律规定，不能通过与被害人协商分期付款的方式来终结案件。