司法协商分期付款后案件是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    通常情况

   在民事案件中，如果双方达成司法协商并确定了分期付款的方案，且该方案经过法院确认（比如形成了民事调解书），在债务人按照分期付款协议按时、足额履行还款义务后，案件一般会结案。因为此时双方的纠纷已经得到妥善解决，法院的审判和执行目的已经达成。

   例如，甲起诉乙偿还借款，在法院主持下双方达成调解，约定乙分三期偿还借款。乙按照约定的时间和金额还清全部款项后，法院会终结该案件的执行程序，案件正式结案。

    特殊情况

   如果债务人在分期付款过程中出现违约，没有按照协议按时还款，那么债权人可以依据相关法律文书（如调解书、判决书等）向法院申请恢复执行。此时，案件不会结案，法院会根据债权人的申请继续对债务人采取强制执行措施，如查询、冻结、划拨债务人的财产等。

   比如，还是上述案例中，乙在偿还了第一期款项后，第二期未能按时偿还，甲就可以向法院申请恢复执行，要求乙一次性偿还剩余款项，案件会继续处于执行状态。

    刑事案件附带民事赔偿部分

    积极履行赔偿义务

   在刑事案件中，如果涉及附带民事诉讼，犯罪嫌疑人或其家属与被害人达成司法协商分期付款协议，并且按照协议积极履行赔偿义务，在赔偿全部到位后，对于附带民事部分的案件通常会结案。不过，刑事案件本身的刑事处罚部分会按照法律规定正常进行，不受附带民事赔偿履行情况的影响（但积极赔偿可能会在量刑时作为从轻情节予以考虑）。

   例如，张三因故意伤害李四被提起公诉，同时李四提起附带民事诉讼要求张三赔偿医疗费等损失。双方达成协议分期赔偿，张三按时履行完毕赔偿义务后，附带民事部分的案件会结案，但张三仍需承担相应的刑事责任。

    不履行赔偿义务

   若犯罪嫌疑人或其家属在分期付款过程中不履行协议，被害人可以向法院申请强制执行。此时，附带民事部分的案件不会结案，法院会对犯罪嫌疑人的财产进行强制执行，以保障被害人的合法权益。