司法协商分期付款后案件通常会以不同方式处理，不一定直接结案，以下为你详细分析：

    可能结案的情况

    双方按协商内容履行完毕

   如果在司法协商达成分期付款协议后，债务人严格按照协议约定的时间和金额按时足额还款，债权人的债权得到了全部实现，双方的纠纷得到彻底解决。此时，法院一般会将案件作结案处理。

   例如，在民间借贷纠纷中，法院组织双方协商，达成了债务人分12个月还清欠款的协议。债务人在这12个月内每月都按时还款，全部还清欠款后，法院会将该案件以执行完毕或调解履行完毕等方式结案。

    达成执行和解协议并履行

   在执行程序中，双方达成分期付款的执行和解协议，并且债务人积极履行协议内容，债权人向法院提交书面申请，请求终结执行程序的，法院审查后会裁定终结执行，此时案件结案。

    可能不结案的情况

    债务人未按约定履行

   若债务人在分期付款过程中出现违约行为，如未按时还款、还款金额不足等，债权人有权依据协议要求债务人一次性偿还剩余全部欠款，并可以向法院申请恢复执行。在这种情况下，案件不仅不会结案，反而会继续进入执行程序，法院会采取相应的强制执行措施，如查询、冻结、划拨债务人的财产等。

   比如，在买卖合同纠纷中，双方协商好债务人分5期支付货款，但债务人支付了2期后就不再支付，债权人可以向法院申请恢复执行，要求债务人一次性支付剩余3期的货款，案件会继续处于执行状态。

    需监督协议履行

   即使双方达成了分期付款协议，在协议履行期间，法院可能会对协议的履行情况进行监督，以确保双方都遵守协议约定。在此期间，案件一般不会立即结案，而是处于一种相对“搁置但未终结”的状态，直到协议履行完毕或出现其他需要进一步处理的情况。