司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看，以下从民事案件和刑事案件两个维度为你分析：

    民事案件

    通常情况会结案

   在民事纠纷中，司法协商分期付款一般是指在法院主持下达成调解协议，约定被告分期向原告支付款项。当双方按照调解协议的内容，明确了分期支付的金额、时间、方式等条款，并且法院制作了调解书送达双方当事人后，从程序上来说案件会以调解的方式结案。

   比如甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，经法院调解，双方达成乙分三期偿还借款的协议，法院据此制作调解书并送达。此时，法院的审理程序终结，案件结案。

    存在特殊情况不结案

   如果在分期履行过程中，付款方未按照协议约定的时间和金额付款，那么收款方可以向法院申请强制执行。一旦进入强制执行程序，案件就不能算真正意义上的结案，直到全部款项执行到位或者出现执行终结的法定情形。

   例如上述案例中，乙第一期就未按时还款，甲向法院申请强制执行，那么案件会再次进入执行程序，直至乙还清所有款项或者出现如甲撤销申请、乙死亡且无遗产可供执行等执行终结的情况，案件才会真正结案。

    刑事案件

    刑事部分一般不结案

   刑事案件中涉及的赔偿问题可以进行协商分期赔偿，但这主要是针对民事赔偿部分。刑事部分是国家对犯罪行为的追诉，不会因为犯罪嫌疑人与被害人就民事赔偿达成分期支付协议而终结。

   例如，在故意伤害案件中，犯罪嫌疑人与被害人达成协议，分期赔偿被害人的医疗费、误工费等损失，但对于犯罪嫌疑人的刑事责任，仍需按照刑事诉讼程序进行处理，由法院根据犯罪事实、证据和法律规定作出判决。只有当整个刑事诉讼程序完成，如判决生效且执行完毕等，刑事案件才会结案。

    民事赔偿部分可能阶段性处理

   对于刑事案件中的附带民事诉讼部分，如果双方达成分期赔偿协议，并且经过法院认可，在一定程度上可以对该部分进行阶段性的处理。但同样，如果犯罪嫌疑人不履行分期赔偿协议，被害人可以通过法律途径要求其继续履行，甚至可能影响到犯罪嫌疑人在量刑时的从宽幅度。