司法协商分期付款后案件是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    通常情况会结案

   在民事案件中，如果双方当事人达成司法协商，约定了分期付款的方案，并且该方案得到法院的认可（比如通过法院出具调解书的形式予以确认）。当债务人按照约定的分期还款计划按时、足额履行了全部还款义务后，案件一般会以执行完毕的方式结案。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，在法院主持下双方达成调解协议，约定乙分 10 期，每月偿还 1 万元。乙按照协议如期偿还完所有款项后，法院会认定案件已经了结，进行结案处理。

    可能不会立即结案

   如果只是达成了分期付款的协议，但债务人尚未完全履行完毕还款义务，案件通常不会结案。因为法院需要监督协议的履行情况，以保障债权人的合法权益。一旦债务人出现违约，未按时还款，债权人可以依据调解协议或相关法律文书向法院申请强制执行。比如上述案例中，乙偿还了 3 期后就不再还款，此时案件不会结案，甲可以向法院申请恢复执行，要求乙一次性偿还剩余款项。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

   在刑事附带民事诉讼中，如果涉及民事赔偿部分达成了分期付款的协议，当赔偿义务方按照协议履行完毕赔偿义务后，附带民事诉讼部分会结案。但刑事案件本身的刑事处罚部分并不会因为民事赔偿的分期履行和完成而受到影响。例如，在故意伤害案件中，犯罪嫌疑人除了要承担刑事责任外，还需对被害人进行民事赔偿。双方就民事赔偿达成分期付款协议，犯罪嫌疑人按约赔偿完毕后，附带民事诉讼部分终结，但刑事判决的刑罚仍需执行。

    不存在单纯的刑事案件协商分期付款结案情况

   刑事案件是国家对犯罪行为进行追诉，犯罪嫌疑人需要承担的刑事责任具有强制性和不可协商性（除了一些自诉案件在符合条件下可以和解撤诉外），不能通过协商分期付款的方式来结案。即使犯罪嫌疑人与被害人达成了民事赔偿的分期付款协议，也只是在量刑时可能会作为从轻情节予以考虑，但不影响刑事案件的正常审理和判决。