司法协商分期付款后是否会结案需要分情况来看：

    民事案件

    会结案的情况

    - 在司法协商达成分期付款协议后，如果双方严格按照协议履行各自的义务，债务人按照约定的时间和金额分期偿还债务，债权人的权益得到保障，那么案件通常会以执行完毕或者和解履行完毕的方式结案。

    - 例如，在民间借贷纠纷中，法院审理后双方达成司法协商，约定债务人分三期偿还欠款。当债务人按时足额完成三期还款后，法院会认定案件已经得到妥善解决，进而进行结案处理。

    不会立即结案的情况

    - 如果只是达成了分期付款的协议，但协议履行期尚未结束，案件一般不会立即结案。因为在协议履行过程中存在不确定性，债务人可能会出现违约不按时还款的情况，法院需要持续关注协议的履行情况。

    - 比如，虽然双方协商好分12个月还款，但才还了2个月，后续债务人是否能继续按时还款并不明确，此时法院通常不会结案，而是会等待整个还款周期结束且债务人完全履行义务后再做结案处理。

    - 若在履行过程中债务人违约，债权人可以向法院申请恢复执行，要求债务人一次性偿还剩余款项，案件会继续处于执行状态，直至问题解决。

    刑事案件

   - 在刑事案件中，如果涉及民事赔偿部分达成司法协商分期付款协议，且犯罪嫌疑人或被告人积极履行赔偿义务，在刑事责任部分已作出判决且生效的情况下，民事赔偿部分履行完毕后，相关的附带民事诉讼部分会结案。

   - 但如果是刑事部分本身，不存在因民事赔偿的分期付款而结案的情况，刑事判决一旦作出并生效，除非经过法定的再审等程序，不会因为民事赔偿的执行情况而改变刑事部分的处理结果。例如，某人因故意伤害罪被判刑并需附带民事赔偿，达成赔偿分期协议后，刑事判决不会受此影响，只有附带民事诉讼会根据赔偿的履行情况来确定是否结案。