司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    会结案的情况

    双方按约履行 ：在司法协商达成分期付款协议后，如果债务人严格按照协议约定的时间和金额按时还款，债权人也认可债务人的履行情况，并且没有其他争议事项。那么，法院通常会按照执行完毕的方式结案。例如，在民间借贷纠纷中，法院主持双方达成了债务人分12个月还清欠款的协议，债务人每月都按时足额还款，债权人也未提出异议，此时法院会将该案件作结案处理。

    申请终结执行 ：债权人与债务人达成和解协议并履行完毕后，债权人可以向法院提交书面申请，请求终结执行程序。法院经审查确认和解协议已履行完毕，会裁定终结执行，从而使案件结案。

    不会结案的情况

    债务人违约 ：若债务人在分期付款过程中出现违约行为，如未按时还款、还款金额不足等，债权人有权依据原生效法律文书或者和解协议的约定，要求法院恢复执行。在这种情况下，案件不会结案，而是会重新进入执行程序。比如，债务人原本应每月还款5000元，但第三个月只还了3000元，债权人就可以向法院申请恢复执行。

    协议未完全履行 ：只要分期付款协议尚未履行完毕，案件一般不会正式结案。法院会对案件进行跟踪，以确保协议的顺利执行。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼 ：如果是刑事附带民事诉讼部分达成了分期付款协议，在刑事部分的审判程序结束后，附带民事部分若按照上述民事案件的规则，在协议履行完毕等符合条件的情况下可以结案。但刑事案件本身的判决结果已经确定，不会因为附带民事部分的分期付款协议而改变结案状态。例如，被告人因故意伤害罪被判刑，同时需对被害人进行民事赔偿，双方就民事赔偿达成分期付款协议，刑事判决生效后该刑事案件即结案，而附带民事部分则按民事规则处理。

    不存在司法协商分期付款结案的情况 ：在单纯的刑事案件中，刑事责任的承担不能通过协商分期付款的方式来解决，也就不存在因这种方式而结案的情况。犯罪嫌疑人需要按照法院的判决承担相应的刑罚，刑罚执行完毕后案件才会以执行终结的方式结案。