司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    一般会结案的情况

    执行和解并履行完毕

   在执行阶段，双方达成司法协商分期付款协议（执行和解协议），如果债务人按照协议约定的期限和金额按时、足额履行了全部付款义务，那么执行案件通常会以执行完毕的方式结案。例如，甲欠乙 10 万元，进入执行程序后，双方协商甲分 5 期，每月支付 2 万元。甲严格按照这个计划完成了全部 10 万元的支付，此时法院会认定执行目的已经实现，从而结案。

    申请人撤回申请

   当双方达成司法协商分期付款协议后，申请人（通常是债权人）可能会基于对债务人履行能力和诚意的信任，向法院申请撤回执行申请。经法院审查，认为撤回申请是申请人的真实意思表示，且不违反法律规定，法院会裁定准许撤回申请，进而结案。不过这种情况下，如果债务人后续不履行分期协议，申请人在法定的申请执行时效期间内仍可再次申请执行。

    通常不会立即结案的情况

    达成协议但未履行完毕

   若双方达成了司法协商分期付款协议，但债务人仅履行了部分付款义务，尚未完成全部的付款责任，案件一般不会结案。因为执行目的尚未完全实现，法院仍需对案件保持关注，以监督债务人继续履行协议。例如，在上述例子中，甲只支付了前 3 期共 6 万元后就不再支付，此时案件依然处于执行状态，法院可能会根据乙的申请恢复对原生效法律文书的执行。

    协议存在争议

   在履行司法协商分期付款协议过程中，如果双方对协议的条款理解产生分歧，或者一方认为另一方存在违约行为，导致协议无法顺利履行，这种情况下案件也不会结案。法院可能需要进一步审查双方的争议，确定责任归属，必要时恢复执行程序以保障债权人的合法权益。