司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    通常会结案

   在民事案件中，如果双方达成司法协商并确定了分期付款的方案，且该方案得到法院的认可和确认（比如通过法院制作调解书的方式），一般情况下，法院会以调解结案。此时，案件的审理程序基本结束，法院会按照规定对案件进行归档处理。

   例如，在民间借贷纠纷中，原告起诉被告要求偿还借款，双方在法院主持下达成了被告分期偿还借款的调解协议，法院根据该协议制作了调解书并送达双方当事人，案件就会以调解方式结案。

    可能暂不结案

   如果司法协商分期付款的方案只是双方私下达成，并没有经过法院以法律文书的形式确认，或者虽然达成了调解协议，但在协议履行过程中存在不确定性，法院可能不会立即结案。

   比如，虽然双方私下约定了分期付款，但被告的还款能力存在疑问，为了监督协议的履行、保障原告权益，法院可能会在一定期限内保持案件处于未结状态，待被告按照约定全部履行完毕还款义务后，才会正式结案。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

   类似于民事案件，如果在刑事附带民事诉讼中，就民事赔偿部分达成了分期付款的协商结果，经法院确认后，附带民事诉讼部分可以调解结案。但刑事案件本身关于被告人刑事责任的部分，仍会依据法律规定继续进行审理和裁判。

   例如，在故意伤害案件中，被害人提起刑事附带民事诉讼要求被告人赔偿医疗费等损失，双方就赔偿达成分期支付协议，法院对该协议予以确认并制作调解书，附带民事诉讼部分结案，但刑事部分会根据被告人的犯罪事实、情节等依法作出判决。

    纯刑事案件不存在这种情况

   在纯刑事案件中，不存在当事人之间通过协商分期付款来结案的情况。刑事案件是国家公诉机关代表国家对犯罪嫌疑人进行追诉，犯罪嫌疑人承担的刑事责任不能通过与被害人协商分期付款的方式来解决，而是要依据刑法和刑事诉讼法的规定，由法院根据犯罪事实和法律规定作出判决。