司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    通常情况会结案

   在民事纠纷中，当双方当事人达成司法协商分期付款协议，并且该协议得到法院认可后，一般会以一定方式结案。

   如果是在诉讼过程中达成的分期付款协议，双方可以申请法院出具调解书。调解书具有与判决书同等的法律效力，一旦送达双方当事人，诉讼程序即终结，案件结案。例如在民间借贷纠纷中，出借人与借款人在法院主持下达成了由借款人分期偿还借款的调解协议，法院制作调解书并送达双方后，案件就会结案。

   如果是在执行阶段达成分期付款和解协议，申请执行人向法院撤回执行申请，法院会裁定终结执行，从而使案件结案。

    存在例外情况

   达成分期付款协议并不意味着必然结案。若在协议履行过程中，债务人不按照协议约定的期限和金额付款，债权人可以向法院申请恢复执行原生效法律文书。例如，在分期还款过程中，债务人第二期款项就逾期未支付，债权人有权要求法院重新启动执行程序，此时案件就不会因为之前的协商分期而真正结案。

    刑事案件

    刑事部分一般不适用协商分期

   刑事案件是国家公诉机关代表国家对犯罪嫌疑人提起的诉讼，主要目的是惩罚犯罪和维护社会秩序。刑事部分的定罪量刑由法律规定，不允许当事人通过协商分期付款的方式来解决刑事责任问题，所以不存在因协商分期付款而使刑事案件结案的情况。

    附带民事部分可以协商分期

   如果刑事案件中存在附带民事诉讼，对于民事赔偿部分，双方可以协商分期付款。当附带民事部分达成分期付款协议并履行完毕，附带民事诉讼部分可以结案，但刑事部分仍会按照法律程序进行审判。例如在故意伤害案件中，犯罪嫌疑人与被害人就民事赔偿达成分期赔偿协议，赔偿款全部支付完毕后，附带民事诉讼部分终结，但犯罪嫌疑人仍要承担相应的刑事责任，刑事审判程序会继续进行。