司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案

   在民事案件中，如果双方达成司法协商分期付款协议，且该协议得到法院的认可（比如通过法院出具调解书的形式对协议进行确认），当债务人按照协议约定按时、足额履行了分期付款的义务后，案件通常会结案。因为双方的纠纷已经通过协商并履行得到解决，法院的审判目的已经达成。例如，在民间借贷纠纷中，被告因资金周转困难无法一次性偿还借款，与原告协商后达成了分期付款的协议，经法院确认后，被告在约定期限内完成了所有款项的支付，此时法院会终结该案件的执行程序。

    可能不会立即结案

   如果只是达成了分期付款协议，但在履行过程中，债务人出现逾期付款等违约行为，那么案件可能不会结案。债权人有权依据协议和相关法律规定，要求法院恢复执行程序，继续追讨剩余款项。比如，在买卖合同纠纷中，双方达成了分期付款协议，但债务人第二期款项就逾期未支付，此时债权人可以向法院申请恢复执行，要求债务人一次性支付剩余全部款项，这种情况下案件就不会因达成协议而结案。

    刑事案件

    刑事部分通常不结案

   在刑事案件中，司法协商分期付款一般涉及的是民事赔偿部分，如交通肇事罪中，肇事者与受害者家属就民事赔偿达成分期付款协议。但刑事部分是由国家公权力机关依法追究犯罪嫌疑人、被告人的刑事责任，不会因为民事赔偿的协商分期付款而结案。犯罪嫌疑人、被告人仍需承担相应的刑事处罚，如被判处有期徒刑、拘役等刑罚。

    民事赔偿部分可能结案

   对于刑事案件中的民事赔偿部分，如果犯罪嫌疑人、被告人按照分期付款协议履行了赔偿义务，那么这部分民事纠纷可以结案。例如，在故意伤害案件中，被告人与被害人达成了民事赔偿的分期付款协议，当被告人全部履行完毕后，关于民事赔偿的部分就会结案，但刑事审判程序仍会按照法律规定继续进行。