司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看，以下从民事案件、刑事案件附带民事赔偿两方面为你分析：

    民事案件

   在民事案件中，司法协商达成分期付款协议后，通常存在结案和暂不结案两种情况：

    可以结案的情形

    履行完毕 ：如果债务人按照分期付款协议的约定，按时、足额履行了每一期的还款义务，直至全部债务清偿完毕。这种情况下，债权债务关系消灭，案件通常会以执行完毕的方式结案。

    债权人申请结案 ：即使债务还未全部履行完毕，但债权人基于自身意愿，向法院提交书面申请，明确表示同意结案，法院审查后认为符合规定的，也可以结案。例如债权人考虑到与债务人的长期合作关系或其他因素，愿意放弃剩余债权并申请结案。

    暂不结案的情形

    协议履行中 ：在达成分期付款协议后，债务人开始按照协议履行还款义务，但尚未完成全部还款。此时案件一般不会立即结案，法院会对协议的履行情况进行监督。若债务人后续出现违约，未按时还款，债权人可以向法院申请恢复执行原生效法律文书。

    提供担保并经债权人同意 ：债务人提供了相应的担保，并且债权人同意暂缓执行，法院也可能不立即结案。在这种情况下，如果债务人违约，债权人可以通过执行担保财产来实现债权。

    刑事案件附带民事赔偿

   在刑事案件附带民事赔偿的情况下，司法协商分期付款后，刑事案件部分一般不受影响，会按照刑事诉讼程序继续进行直至结案。而附带民事部分与民事案件类似：

    全部履行赔偿义务 ：当被告人按照分期付款协议全部履行了民事赔偿义务后，附带民事部分通常会结案。

    未履行完毕 ：若在履行过程中，被告人出现违约，被害人可以向法院申请恢复执行，案件不会结案，直至赔偿问题得到妥善解决。