司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    通常情况会结案

   在民事案件中，如果双方当事人达成司法协商，确定了分期付款的方案，并且该方案经过法院审查认可，比如通过法院出具民事调解书对分期付款的具体内容予以确认。当债务人按照调解协议约定的时间和金额按时、足额完成各期付款义务后，案件一般会正常结案。因为双方的争议已经通过协商并实际履行得到解决，法院的审判职能也已实现，此时会以执行完毕等方式结案。

    可能不结案的情况

    未按时履行 ：若债务人在分期付款过程中出现违约，未按照约定的期限和金额付款，那么债权人有权依据相关法律文书（如调解书）向法院申请强制执行。在这种情况下，案件不会因达成协商就结案，而是进入执行程序，直至债务最终得到清偿或者出现其他法定的结案情形（如执行和解、终结本次执行程序等）。

    部分履行且有争议 ：如果债务人只是部分履行了分期付款义务，双方对于剩余款项的履行又产生新的争议，无法自行协商解决，那么案件也不会结案。债权人可能会再次通过法院来解决剩余争议，案件会处于持续的处理状态。

    刑事案件附带民事赔偿

    积极履行赔偿可能影响程序进展

   在刑事案件附带民事诉讼中，若被告人与被害人就民事赔偿部分达成司法协商的分期付款协议，并积极履行，这在一定程度上可能会对刑事案件的处理产生积极影响，比如作为被告人从轻量刑的情节考虑。但刑事案件本身并不会因为民事赔偿达成分期付款协议就结案。刑事案件有其独立的诉讼程序，需要根据犯罪事实、证据等进行侦查、审查起诉和审判，只有当刑事部分经过法定程序作出最终判决，并且附带民事部分的赔偿义务履行完毕或者按照法律规定处理完毕后，整个案件才会全面结案。

    不履行赔偿影响刑事处理

   如果被告人不履行分期付款协议中的民事赔偿义务，被害人可以通过法院强制执行。同时，这种不履行行为也可能会影响被告人在刑事量刑上原本可能获得的从轻情节，刑事和民事部分都会继续处于相应的处理流程中，直到全部问题解决。