司法协商分期付款后是否会结案，需要分不同情况来看：

    民事案件

    可以结案的情况

   在达成司法协商分期付款协议并按协议履行完毕后，案件通常会结案。以常见的民间借贷纠纷为例，原告起诉被告要求偿还借款，在法院主持下双方达成司法协商，约定被告分若干期偿还欠款。当被告按照协议的时间和金额，全部还清欠款后，意味着双方的债权债务关系消灭，法院一般会根据实际情况作出结案处理。

   此外，如果双方达成司法协商分期付款协议，原告向法院申请撤诉，且该申请得到法院准许，那么案件也会就此结案。

    不能结案的情况

   如果达成司法协商分期付款协议后，债务人未按照协议约定履行还款义务，例如出现逾期支付或者拒绝支付后续款项的情况，案件通常不会结案。债权人可以依据协议和相关法律规定，要求法院恢复执行程序或者继续审理案件，以保障自己的合法权益。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

   在刑事附带民事诉讼中，如果涉及民事赔偿部分通过司法协商达成分期付款协议，且被告人按协议履行完毕赔偿义务，那么附带民事诉讼部分通常会结案。但刑事案件本身并不会因为民事赔偿的协商解决而直接结束，刑事部分依然要按照法定程序进行审理和判决。

    单纯刑事案件

   刑事案件不存在分期付款结案的概念。刑事案件是国家公权力对犯罪行为的追诉，犯罪嫌疑人是否承担刑事责任以及承担何种刑事责任，由司法机关依据法律和查明的事实来决定，不会因犯罪嫌疑人与被害人之间的协商分期付款而结案。不过，犯罪嫌疑人积极赔偿被害人损失并达成谅解，在量刑时可能会作为从轻处罚的情节予以考虑。