司法协商分期付款后案件通常会结案，但具体情况需要分不同场景来看：

    民事案件

    一般情况会结案

   在民事纠纷中，当双方当事人达成司法协商并确定了分期付款的方案后，通常意味着双方就争议事项达成了和解。如果是在诉讼过程中，双方达成该协议并告知法院，原告可以向法院申请撤诉。法院在审查确认双方确实达成和解且符合撤诉条件后，会裁定准予撤诉，此时案件即告终结。

   例如，甲起诉乙偿还借款，在法院审理过程中，甲乙双方达成司法协商，乙分三期偿还借款，甲随后向法院申请撤诉，法院裁定准予后，案件结案。

    附条件结案

   有时即便达成了分期付款协议，法院可能不会立即以结案处理，而是以调解的方式结案。法院会制作民事调解书，对双方协商的分期付款方案等内容予以确认。这种情况下，如果债务人按照调解书约定的期限和金额按时履行付款义务，直至全部款项付清，案件才真正结案。但如果债务人未按约定履行，债权人可以依据调解书向法院申请强制执行，此时案件会进入执行程序。

   比如，在买卖合同纠纷中，经法院调解，被告同意分四期向原告支付货款，法院出具了民事调解书。若被告按时支付完毕，案件正常结案；若被告第二期就未按时支付，原告可申请强制执行。

    刑事案件（涉及民事赔偿部分）

    刑事部分

   刑事案件中涉及的犯罪行为是对社会秩序和公共利益的侵犯，即便犯罪嫌疑人与被害人就民事赔偿部分达成了分期付款的协议，刑事部分通常不会因该协议而结案。司法机关仍会按照法定程序对犯罪嫌疑人的犯罪行为进行侦查、起诉和审判。

   例如，在故意伤害案件中，犯罪嫌疑人与被害人达成了民事赔偿的分期付款协议，但公安机关依然会将案件移送检察机关审查起诉，法院会根据犯罪事实和证据对犯罪嫌疑人的刑事责任作出判决。

    民事赔偿部分

   对于刑事案件中的民事赔偿部分，如果双方达成分期付款协议并履行完毕，这部分民事赔偿纠纷可以结案。若犯罪嫌疑人未按协议履行，被害人可以通过民事诉讼等方式要求其继续履行赔偿义务。