司法协商分期付款后案件通常会有不同的处理结果，不一定都会直接结案，以下为你详细分析：

    可以结案的情况

    按约定履行还款义务

   在司法协商达成分期付款协议后，如果债务人严格按照协议约定的时间和金额进行还款，直至全部债务清偿完毕，那么案件一般会以执行完毕的方式结案。

   例如，在一个民间借贷纠纷案件中，法院主持双方达成了司法协商分期付款协议，债务人每月按时向债权人支付约定的款项，在约定的还款期限内还清了全部欠款。此时，法院会根据相关程序，将该案件作结案处理，并记录在案。

    债权人申请结案

   即便债务尚未全部还清，但如果债权人基于某种原因（如与债务人达成了其他和解方案、认为剩余款项无需再通过司法程序追讨等）向法院明确表示放弃剩余债权，并申请结案，经法院审查符合规定的，案件也可以结案。

   比如，债权人考虑到债务人经济确实困难，剩余未偿还的金额较小，且债务人一直积极履行部分还款义务，债权人出于人道主义等因素，向法院申请终结执行程序，法院审核后会作出结案决定。

    不能结案的情况

    债务人未履行协议

   若债务人在司法协商分期付款过程中，出现未按时还款、还款金额不足等违约行为，债权人有权依据协议和相关法律规定，要求恢复原生效法律文书的执行。这种情况下，案件不仅不会结案，还会继续进入执行程序，法院可能会采取进一步的强制执行措施，如查询、冻结、划拨债务人的财产等。

   例如，债务人原本与债权人协商好每月还款5000元，但连续三个月都只还了2000元，债权人向法院反映后，法院会重新启动执行程序，对债务人的财产进行调查和处置。

    协议履行期限未届满

   在司法协商分期付款协议约定的履行期限内，只要债务人按照协议正常履行还款义务，案件就会处于持续履行的状态，通常不会结案。只有当整个还款期限结束，且债务全部履行完毕或者出现符合结案的其他法定情形时，案件才会进行结案处理。

   比如，双方协商分24期还款，在这24期的还款过程中，只要债务人按时还款，案件就会持续处于执行中状态，直至24期全部履行完毕才可能结案。