司法协商分期付款后是否会结案需要分情况来看，以下是不同场景下的分析：

    民事诉讼

    一般会结案

   在民事诉讼中，如果双方当事人达成司法协商，约定了分期付款的方案，并且该方案得到法院的认可（比如通过法院出具调解书的形式予以确认）。当债务人按照分期付款协议按时、足额履行了全部付款义务后，案件通常会以执行完毕的方式结案。因为此时债权人的债权已经实现，纠纷得到了妥善解决。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款10万元，经法院主持调解，双方达成协议，乙分三期偿还借款，每期偿还3.3万余元，最后一期偿还剩余零头。乙按照协议如期支付了全部款项，法院就会将该案件作结案处理。

    可能不结案

   如果债务人在分期付款过程中出现违约，没有按照协议约定的时间和金额还款，那么债权人有权依据之前的协议或者相关法律文书向法院申请恢复执行。在这种情况下，案件就不会因协商分期而结案，而是会继续处于执行程序中。

   比如上述案例中，乙支付了第一期款项后，第二期却未按时支付，甲就可以向法院申请恢复执行原生效法律文书，要求乙一次性偿还剩余款项，此时案件会继续执行，不会结案。

    刑事附带民事诉讼

    刑事部分

   刑事附带民事诉讼中的刑事部分主要是对犯罪行为的惩处，其进程不受民事赔偿协商分期付款的影响。即使被害人与被告人就民事赔偿达成了分期付款协议，刑事诉讼依然会按照法定程序进行，直到对被告人的定罪量刑作出最终判决，判决生效后刑事部分才会结案。

   例如，在故意伤害案件中，被告人将被害人打伤，被害人提起刑事附带民事诉讼要求赔偿医疗费等损失。双方就民事赔偿部分达成了分期付款协议，但这并不影响法院对被告人故意伤害行为的审判，法院会依据相关证据和法律规定对被告人作出刑事判决。

    民事部分

   与单纯的民事诉讼类似，如果被告人按照分期付款协议履行了民事赔偿义务，民事部分会结案；若被告人违约，被害人可以申请法院强制执行，案件不会结案。

    执行和解中的分期付款

   在执行程序中，双方达成执行和解协议并约定分期付款。当被执行人完全履行和解协议后，人民法院会裁定终结执行，案件结案。但如果被执行人不履行或者不完全履行执行和解协议，申请执行人可以申请恢复执行原生效法律文书，法院会继续执行程序，案件不结案。