司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案

   在民事案件中，当双方当事人达成司法协商并确定了分期付款的方案，且该方案经过法院的认可（比如通过法院出具调解书等形式予以确认），如果债务人按照分期付款协议按时、足额履行每一期的还款义务，那么案件通常会以执行完毕或调解结案的方式处理。

   以常见的民间借贷纠纷为例，债权人起诉债务人要求偿还欠款，在法院主持下双方达成了分期付款协议，法院制作了调解书。债务人此后严格按照调解书规定的期限和金额还款，全部款项还清后，法院会终结案件流程，作结案处理。

    可能不会结案

   如果债务人在分期付款过程中出现违约，未按照协议约定按时还款，债权人可以依据相关协议或法律文书向法院申请恢复执行。此时，案件不会结案，而是会重新进入执行程序，法院可能会采取查封、扣押、冻结财产等强制执行措施来保障债权人的权益。例如，债务人原本和债权人协商好分 6 期还款，结果还了 2 期后就不再还款，这种情况下债权人有权申请恢复执行，案件继续处于司法程序中。

    刑事案件

   刑事案件涉及到对犯罪行为的惩处和社会秩序的维护，与民事案件有本质区别。

    刑事部分一般不会因赔偿分期而结案

   刑事诉讼主要是国家对犯罪嫌疑人的追诉，如果犯罪事实清楚、证据确凿，犯罪嫌疑人需要承担相应的刑事责任。即便犯罪嫌疑人与被害人达成了民事赔偿的分期付款协议，刑事部分的诉讼程序依然会按照法律规定继续进行。例如，在故意伤害案件中，犯罪嫌疑人打伤被害人，双方就民事赔偿部分达成了分期付款协议，但这并不影响检察院对犯罪嫌疑人提起公诉，法院会根据犯罪情节对其定罪量刑。

    民事赔偿部分可能按约定处理

   对于刑事案件中的附带民事诉讼部分，如果双方达成了分期付款协议，在犯罪嫌疑人按协议履行完毕赔偿义务后，附带民事诉讼部分可以结案。比如在交通肇事案件中，肇事者与受害者家属就民事赔偿达成了分期付款协议，当肇事者完成全部赔偿后，附带民事诉讼部分会终结。