司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    通常情形下会以执行和解等方式结案

   在民事案件进入执行程序后，双方当事人达成司法协商分期付款协议，一般属于执行和解。根据相关法律规定和司法实践，达成执行和解协议并履行相应手续后，法院可以以执行和解方式结案。例如，申请执行人与被执行人达成分期还款协议，被执行人按照协议开始履行第一期还款义务，申请执行人向法院提交书面申请，请求法院按照执行和解结案，法院审查后通常会准许，以终结执行的方式结案。

    存在未完全履行等情况则可能不会结案

   如果在达成分期付款协议后，被执行人没有按照协议约定按时、足额履行还款义务，申请执行人有权向法院申请恢复执行原生效法律文书。此时案件不会结案，法院会继续对案件进行执行程序，采取查询、冻结、划拨被执行人财产等强制执行措施。比如，双方约定分三期还款，被执行人只还了第一期，第二期就逾期未还，申请执行人向法院反映后，法院会恢复执行程序。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分可能会参照民事案件处理

   在刑事案件中，如果涉及刑事附带民事诉讼，民事赔偿部分双方达成司法协商分期付款协议，其处理方式与民事案件类似。若被告人按照协议履行赔偿义务，附带民事诉讼部分可以相应结案。例如，在故意伤害案件的附带民事诉讼中，双方就民事赔偿达成分期赔偿协议，被告人依约履行，附带民事诉讼部分可处理完毕。

    刑事案件的刑事部分不受影响

   刑事案件的核心是对犯罪行为的惩处，不会因为民事赔偿的分期付款协商而结案。即使被告人与被害人就民事赔偿达成分期付款协议并履行，刑事诉讼程序仍会按照法律规定继续进行，法院会根据犯罪事实、证据和法律规定对被告人作出刑事判决。比如，在盗窃案件中，犯罪嫌疑人即使与被害人就被盗财物的赔偿达成了分期赔偿协议，其盗窃的犯罪行为依然要经过侦查、审查起诉、审判等刑事诉讼程序。