司法协商分期付款后是否会结案需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案的情况

   在民事纠纷中，若双方当事人达成司法协商并确定了分期付款的方案，且该方案经过法院审查并以调解书等法律文书形式予以确认。当债务人按照约定的分期付款计划按时、足额履行了全部还款义务后，意味着双方的债权债务关系得到了妥善解决，法院通常会将该案件作结案处理。

   例如，在一个买卖合同纠纷案件中，卖方起诉买方支付货款，双方在法院主持下达成司法协商，约定买方分三期支付货款。买方严格按照约定时间和金额支付完毕后，法院会终结该案件的执行程序或者审理程序。

    可能不结案的情况

    未完全履行 ：如果债务人在分期付款过程中出现违约情况，如未按时支付某一期款项，或者支付的金额不足，那么债权人有权依据之前达成的司法协议或者法院的调解书等，向法院申请恢复执行或者要求对方承担违约责任等。此时案件不会结案，法院会继续对该案件进行处理。

    存在后续争议 ：即使债务人完成了分期付款，但双方就该债务又产生了新的争议，比如对已付款项的性质、后续的质量保证等问题存在分歧并再次诉至法院，那么案件也不会真正结案，而是会进入新的诉讼程序。

    刑事案件附带民事赔偿

    一般情况

   在刑事案件中涉及附带民事赔偿部分，如果双方达成司法协商分期付款协议，当犯罪嫌疑人或其家属按照协议完成全部赔偿款项的支付后，附带民事诉讼部分通常会结案。不过刑事案件本身的刑事处罚部分会依据法律规定正常进行，不受附带民事赔偿分期付款履行情况的影响（但积极赔偿可能会在量刑上予以考虑）。

    特殊情况

   若犯罪嫌疑人在分期付款过程中不履行赔偿协议，被害人可以向法院申请强制执行。在强制执行过程中，如果发现犯罪嫌疑人存在转移财产等逃避赔偿义务的行为，可能会影响到对犯罪嫌疑人的量刑考量，并且案件的附带民事部分会持续处于执行状态，直至赔偿问题解决。