司法协商分期付款后通常会结案，但具体情况需要分不同场景来看：

    民事诉讼

    一般会结案

   在民事诉讼中，若双方当事人达成司法协商分期付款的协议，并且按照法院的要求办理了相关手续，如签订调解协议并经法院确认，通常意味着案件会以调解方式结案。法院会制作调解书，送达双方当事人，调解书经双方签收后即具有法律效力，此时案件程序终结。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，在法院主持下，双方达成司法协商，乙分三期偿还借款。双方签订调解协议，法院出具调解书，案件就会结案。

    可能不立即结案

   如果只是双方私下达成了分期付款的意向，没有经过法院的正式确认和相关法律程序的终结步骤，案件可能不会立即结案。另外，若在分期履行过程中，债务人出现违约不按时还款的情况，债权人可以依据调解书或协议向法院申请强制执行，此时案件会再次进入执行程序，相当于案件恢复到执行阶段，并非完全结案状态。

    刑事附带民事诉讼

    民事部分可能结案

   在刑事附带民事诉讼中，对于民事赔偿部分，如果双方达成司法协商分期付款协议，且经法院认可，民事赔偿部分通常会按照调解结案处理。但刑事案件本身会依据刑事诉讼程序继续进行，对被告人的刑事责任进行审判和裁决。

   例如，在一起故意伤害案件中，被害人提起刑事附带民事诉讼要求被告人赔偿医疗费等损失。双方就民事赔偿达成分期付款协议，法院对该协议确认后，民事赔偿部分结案，但刑事审判仍会继续。

    整体案件情况

   只有当刑事案件经过侦查、审查起诉、审判等一系列法定程序，最终作出判决且判决生效后，整个刑事附带民事诉讼案件才会全面结案。

    执行案件

    达成和解协议可能暂时结案

   在执行案件中，双方当事人达成司法协商分期付款的和解协议后，法院可以根据具体情况裁定终结本次执行程序。这种情况下，案件并非真正意义上的完全结案，而是暂时停止执行程序。

   如果被执行人按照和解协议履行完毕，法院会作执行结案处理；若被执行人不履行和解协议，申请执行人可以申请恢复执行原生效法律文书，案件会重新启动执行程序。