司法协商分期付款后案件是否会结案，需要分情况来看，以下为你详细分析：

    民事案件

    可能结案的情况

    双方达成执行和解协议并履行完毕 ：在民事执行程序中，债权人和债务人进行司法协商后达成分期付款协议，如果债务人按照协议约定的时间和金额，按时、足额完成了全部款项的支付，那么该案件通常会以执行完毕的方式结案。例如，甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，法院判决乙偿还，进入执行阶段后双方协商分 5 期还款，乙依约还清 10 万元后，案件就会结案。

    申请执行人撤回执行申请 ：即便分期付款尚未全部履行完毕，但如果申请执行人（债权人）向法院明确表示撤回执行申请，在符合法律规定的情况下，法院也会裁定终结执行，从而使案件结案。这种情况可能是债权人考虑到与债务人的其他关系等因素而做出的决定。

    不会立即结案的情况

    协议履行期间 ：若债务人正在按照分期付款协议履行还款义务，但尚未完成全部款项的支付，案件一般不会结案。法院需要对协议的履行情况进行监督，以保障债权人的合法权益。例如，协议约定分 10 期还款，当债务人支付了前 3 期后，案件仍处于执行状态，直至全部 10 期款项还清。

    债务人违约 ：如果债务人在分期付款过程中出现违约行为，如未按时支付某一期款项，那么债权人可以向法院申请恢复执行原生效法律文书。此时，案件不仅不会结案，还会继续推进执行程序，法院可能会采取查封、扣押、冻结等强制执行措施。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼 ：与民事案件类似，如果在刑事附带民事诉讼中，双方就民事赔偿部分达成分期付款协议，当赔偿款全部履行完毕，民事部分通常会结案。但刑事案件本身关于被告人刑事责任的部分，会依据法院的判决进行处理，不会因民事赔偿的分期付款情况而改变。例如，在故意伤害案件中，被告人对被害人进行民事赔偿并协商分期支付，赔偿完成后民事赔偿部分结束，但被告人仍需承担相应的刑事处罚。

    不存在真正意义的“司法协商分期付款” ：在单纯的刑事案件中，刑事责任不能通过协商分期付款的方式解决。犯罪嫌疑人需要承担的刑罚（如有期徒刑、罚金等）是由法律规定和法院判决确定的，必须按照判决执行，不存在因类似分期付款的协商而结案的情况。