司法协商分期付款后是否会结案需要分情况来看，以下为你详细分析：

    一般会结案的情况

    执行和解分期履行

   在执行阶段，双方当事人达成执行和解协议，约定分期付款。如果债务人按照和解协议的约定按时、足额履行了分期还款义务，此时法院通常会以执行完毕方式结案。例如，甲欠乙 10 万元，法院判决甲还款后进入执行程序，甲乙协商后达成执行和解协议，约定甲分 5 期，每月偿还 2 万元。甲严格按照协议履行了全部还款义务，法院会认定案件执行完毕并结案。

    诉讼中和解分期履行

   在诉讼过程中，双方当事人达成和解协议，约定分期付款，并且原告向法院申请撤诉。经法院审查，该撤诉申请不违反法律规定，法院会裁定准许撤诉，案件也就此结案。比如在买卖合同纠纷中，卖方起诉买方支付货款，在诉讼中双方协商一致，买方分期支付货款，卖方随后向法院申请撤诉，法院准许后案件结束。

    可能不会结案的情况

    执行和解未完全履行

   在执行和解分期履行过程中，如果债务人没有按照约定履行还款义务，债权人可以向法院申请恢复对原生效法律文书的执行。此时案件不会结案，而是继续处于执行程序中。例如上述案例中，甲在偿还 3 期后就不再还款，乙有权向法院申请恢复执行原判决，法院会继续采取执行措施，案件继续进行。

    和解协议效力存在争议

   如果双方对于和解协议的效力、履行方式等方面存在争议，一方当事人可能会向法院提起诉讼要求确认协议效力或解决争议。这种情况下，案件也不会简单结案，而是会围绕和解协议的相关问题继续进行审理。