司法协商分期付款后案件是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案

   在很多民事纠纷案件中，如借款合同纠纷、买卖合同纠纷等，如果双方达成司法协商并确定了分期付款的方案，且该方案得到法院的认可（比如通过法院出具调解书的形式确认）。当债务人按照分期付款协议按时、足额履行了全部还款义务后，案件通常会以执行完毕的方式结案。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，在法院主持下双方达成司法协商，约定乙分 10 期偿还，每月偿还 1 万元。乙按照协议如期偿还完所有款项后，法院会认定案件执行完毕并结案。

    可能不结案

   如果债务人在分期付款过程中出现违约，未按照协议约定的时间和金额还款，那么债权人有权依据之前的司法协商协议或者法院的裁判文书，向法院申请恢复执行，此时案件不会结案，而是会继续处于执行程序中。

   比如上述案例中，乙偿还了 3 期后就不再还款，甲可以向法院申请恢复执行剩余的 7 万元欠款，案件会继续进行执行相关的流程。

    刑事案件附带民事赔偿部分

    民事赔偿部分可能结案

   在刑事案件中，如果涉及附带民事诉讼，犯罪嫌疑人或其家属与被害人就民事赔偿部分达成司法协商分期付款协议。当赔偿款按照协议全部支付完毕后，附带民事部分的案件通常会结案。不过刑事案件本身会依据刑事诉讼程序继续进行，根据犯罪事实和证据对犯罪嫌疑人作出刑事判决。

   例如，在一起故意伤害案件中，犯罪嫌疑人丙与被害人丁达成司法协商，分期赔偿丁的医疗费、误工费等损失。当丙按照协议支付完所有赔偿款后，附带民事赔偿这部分案件会结案，但刑事部分会根据丙的犯罪情节等作出相应的刑事处罚。

    若违约则不结案

   同样，如果在分期付款过程中违约，被害人可以要求法院继续执行未支付的赔偿款，附带民事赔偿部分的案件就不会结案。