司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看。

    民事案件

    会结案的情况

   在司法协商达成分期付款协议后，如果双方严格按照协议履行各自的义务，债务人按照约定的时间和金额按时还款，债权人的债权得到实现，那么案件通常会以执行完毕或者和解并履行完毕的方式结案。

   例如，在借款纠纷案件中，法院主持双方达成了分期付款的调解协议，债务人在约定的期限内如约还清了全部欠款，此时法院会根据相关程序将案件作结案处理。

    不会结案的情况

   若在达成分期付款协议后，债务人没有按照协议约定履行还款义务，出现逾期或者拒绝还款的情况，那么案件不会结案。债权人可以向法院申请恢复执行原生效法律文书，要求债务人一次性偿还剩余款项，并可能要求债务人承担逾期付款的违约责任等，案件将继续处于执行程序中。

    刑事案件

   在刑事案件中，司法协商分期付款一般更多体现在刑事附带民事诉讼部分。

    会结案的情况

   如果被告人与被害人就附带民事赔偿达成分期付款协议，并且被告人按照协议履行了赔偿义务，同时刑事部分的判决也已经执行完毕（如服刑期满、缓刑考验期结束等），那么整个刑事案件（包括附带民事部分）会结案。

    不会结案的情况

   若被告人在履行附带民事赔偿的分期付款协议过程中违约，被害人可以向法院申请强制执行。同时，刑事部分如果还在执行过程中（如被告人正在服刑），案件也不会结案，直至刑事部分和民事赔偿部分都按照法律规定执行完毕。