司法协商分期付款后案件是否会结案，需要分情况来看，以下从民事案件和刑事案件两个方面为你分析：

    民事案件

    一般情况

   通常在司法协商达成分期付款协议且双方按照协议履行完毕后，案件会结案。比如在民间借贷纠纷中，原告起诉被告要求偿还借款，经过法院主持调解，双方达成了被告分期偿还借款的协议。当被告按照协议约定的时间和金额，全部还清借款后，意味着双方的债权债务关系消灭，法院一般会终结该案件的审理程序并作结案处理。

    特殊情况

    未履行协议 ：如果在达成分期付款协议后，债务人没有按照协议约定履行付款义务，那么债权人可以向法院申请恢复执行原生效法律文书。例如，在分期还款的过程中，债务人第二期款项就逾期未支付，债权人有权向法院申请强制执行，此时案件不会结案，而是进入执行程序。

    协议存在争议 ：若双方在履行分期付款协议过程中对协议条款的理解产生争议，如对付款时间、金额计算等方面存在分歧，且无法自行协商解决，可能需要再次通过法院来解决争议，这种情况下案件也不会结案。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

   和民事案件类似，如果在刑事附带民事诉讼中，就民事赔偿部分达成了分期付款协议，当赔偿款全部支付完毕，附带民事诉讼部分通常会结案。例如在故意伤害案件中，被害人提起附带民事诉讼要求被告人赔偿医疗费、误工费等损失，双方达成了分期赔偿协议，被告人按约履行完毕后，附带民事诉讼部分终结。

    刑事部分

   刑事案件的刑事责任追究不以民事赔偿的分期付款履行情况而直接结案。即使被告人与被害人就民事赔偿达成了分期付款协议并履行，刑事诉讼程序仍会按照法律规定继续进行。比如在盗窃案件中，犯罪嫌疑人即使赔偿了被害人的损失并达成了分期赔偿协议，司法机关依然会根据犯罪事实、证据等对其进行定罪量刑，直至整个刑事诉讼程序结束。