司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般情况

   在民事案件中，如果双方当事人达成司法协商并确定了分期付款的方案，且该方案得到法院认可（比如通过法院出具调解书的形式予以确认），在债务人按照约定的期限和金额按时、足额完成每一期付款义务后，案件通常会结案。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款10万元，经法院主持调解，双方达成协议，乙分10期偿还，每月偿还1万元。乙依约履行完所有还款义务后，法院会终结该案件的执行程序或审理程序，案件结案。

    特殊情况

    债务人违约 ：如果债务人在分期付款过程中未按照约定履行付款义务，哪怕只是一期未按时支付，债权人有权依据之前的协议或调解书等向法院申请恢复执行，要求债务人一次性支付剩余全部款项。此时案件不会结案，而是会重新进入执行程序。

    存在后续争议 ：如果在履行分期付款协议过程中，双方就协议的某些条款解释、履行方式等产生新的争议，且无法自行协商解决，一方当事人可能会再次向法院提起诉讼，案件也不会结案。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼

   刑事附带民事诉讼部分如果达成了分期付款赔偿协议，在被告人按协议履行完毕赔偿义务后，附带民事诉讼部分会结案。但刑事案件本身是否结案，取决于刑事诉讼的进程。如果刑事部分的侦查、起诉、审判等程序还未完成，案件不会整体结案。

   例如，在故意伤害案件中，被害人提起附带民事诉讼要求被告人赔偿医疗费等损失，双方达成分期付款协议。当被告人完成赔偿后，附带民事诉讼部分终结，但刑事部分仍会按照法定程序继续进行，直至对被告人作出最终的刑事判决。

    单纯刑事案件不存在司法协商分期付款结案情况

   刑事案件是国家对犯罪行为进行追诉，犯罪嫌疑人、被告人不能通过与被害人协商分期付款的方式来使刑事案件结案。刑事责任的承担由法律规定，需要经过侦查、审查起诉、审判等严格的司法程序来确定。