司法协商分期付款后案件是否会结案，需要分情况来看：

    一般民事案件

    可以结案的情况

   在民事纠纷中，如果双方达成司法协商并确定了分期付款的方案，且该方案经过法院审查认可，以调解协议的形式固定下来。在这种情况下，若债务人按照调解协议约定的时间和金额按时、足额履行了分期付款义务，那么法院通常会按照结案处理。

   例如，在一个买卖合同纠纷案件中，卖方起诉买方支付货款，双方在法院主持下达成调解，约定买方分三期支付货款。当买方按照约定支付完所有款项后，法院会将此案件作结案处理，相关的执行程序也会终结。

    不能结案的情况

   如果债务人没有按照司法协商确定的分期付款方案履行义务，比如出现逾期支付或者未足额支付的情况，那么案件就不会结案。债权人可以依据调解协议或者相关法律文书向法院申请强制执行。

   比如，还是上述买卖合同纠纷，买方第一期就未按时支付货款，此时卖方有权向法院申请强制执行，要求买方一次性支付剩余的全部货款，案件会进入到强制执行程序，直至债务得到全部清偿才可能结案。

    刑事案件附带民事赔偿

    可以结案的情况

   在刑事案件中，如果涉及附带民事赔偿部分，犯罪嫌疑人或其家属与被害人达成司法协商分期付款协议，并且按照协议全部履行完毕赔偿义务，同时刑事案件本身经过法院审理作出了判决且判决生效，那么整个案件会结案。

   例如，在一起故意伤害案件中，犯罪嫌疑人除了要承担刑事责任外，还需对被害人进行民事赔偿。双方达成了分期付款赔偿的协议，犯罪嫌疑人服刑期间，其家属按照协议支付完赔偿款，法院对刑事案件作出判决且生效后，案件就会结案。

    不能结案的情况

   若犯罪嫌疑人或其家属未履行附带民事赔偿的分期付款协议，被害人可以向法院申请强制执行。此时，即便刑事案件部分已经判决生效，但附带民事赔偿的执行程序会继续进行，直到赔偿义务履行完毕，案件才会完全结案。

   例如，在上述故意伤害案中，家属支付了部分赔偿款后就不再支付，被害人有权向法院申请强制执行剩余的赔偿款，在未执行到位之前，附带民事赔偿部分的案件不会结案。